वि.सं. २०२३ सालमा कृषि विभागलाई ५ वटा विभागमा विभाजन गरी प्रथम पटक फलोद्यान विभाग गठन गरिएको थियो । वि.सं.२०२९ सालमा पाँचवटा विभागलाई एउटै कृषि विभागमा पुनर्गठन गरियो । बागवानी बालीहरुको विकासका लागि फलफूल, तरकारी विकास शाखा र स्वतन्त्र रुपमा राष्ट्रिय सुन्तलाजात फलफूल विकास कार्यक्रम तथा राष्ट्रिय आलु बाली विकास कार्यक्रमको स्थापना पनि यसै सालमा भयो । वि.सं. २०४७ सालमा कृषि विभागलाई पुनः विघटन गरी कृषि विभागवाट बागवानी विभाग अलग गरियो र २०४९ सालमा विभागलाई पुनः एकै छाता मुनीको सिद्धान्त अनुरुप कृषि विकास विभागमा समायोजन गरी बागवानीलाई २ वटा महाशाखामा विभाजन गरी फलफूल विकास महाशाखा र तरकारी विकास महाशाखाको गठन गरियो । त्यस पछि वि.सं.२०५७ सालमा फलफूल र तरकारी विकास महाशाखाहरुलाई छुट्टाछुट्टै निर्देशनालयहरुमा रुपान्तरित गरी फलपफूल विकास निर्देशनालयको रुपमा रही आर्थिक बर्ष २०७४र७५ सम्म फलफूल, कफी, चिया, पुष्प सम्बन्धी विभिन्न कार्यक्रम संचालन हुंदै आएका थिए । फलफूल विकास कार्यक्रमको लागि केन्द्रीयस्तरमा प्राविधिक निर्देशनालयको रुपमा यसले मुख्य रुपमा नीति निर्माण, बिरुवा आपूर्ति व्यवस्था, तथ्याङ्क अद्यावधिक लगायत सुपरिवेक्षण, अनुगमन, निरीक्षण र समन्वयका कार्यहरु गर्दै आएको र राष्ट्रिय स्तरमा बागवानी विकास कार्यक्रमका समस्या समाधान तथा अवसरहरुको मार्गदर्शन लगायत बागवानी विकास सम्बन्धी अन्य प्राविधिक सेवाहरु पनि यसै निर्देशनालयवाट हुने गरेका थिए । आयात प्रतिस्थापन तथा निर्यात प्रवद्र्धन गर्ने किसिमले समय सापेक्ष कार्यक्रमहरु तर्जुमा गरी देशभित्र साविकका ७५ वटै जिल्ला कृषि विकास कार्यालयहरु तथा १३ वटा फार्म केन्द्रहरु मार्फत फलफूल विकासका कार्यक्रमहरु अघि बढाइएको थियो ।
नेपालको संविधान २०७२ ले निर्दिष्ट गरे बमोजिम राज्यको पुनःसंरचना संगै वि.सं.२०७५ श्रावण देखि उपरोक्त साविक फलफूल विकास निर्देशनालयबाट सम्पादन गरिने कार्यहरु गर्नको लागि सँघीय कार्यालयका रुपमा राष्ट्रिय फलफूल विकास केन्द्र, कीर्तिपुरको स्थापना भएको र त्यस अन्तर्गत पाँचवटा फार्म केन्द्रहरु (१. उष्णप्रदेशीय बागवानी केन्द्र नवलपुर, सर्लाही २. समशितोष्ण बागवानी केन्द्र, कीर्तिपुर, काठमाडौं ३. सुन्तलाजात फलफूल विकास केन्द्र, तानसेन, पाल्पा ४. कफी विकास केन्द्र, आँपचौर, गुल्मी ५. शितोष्ण बागवानी विकास केन्द्र, मार्फा, मुस्ताङ्ग) रहेका छन् । गुणस्तरीय फलफूलको उत्पादन तथा उत्पादकत्व वृद्धि गर्ने, फलफूलको उपभोग बढाई सर्वसाधारणको पोषण अवस्थामा सुधार गर्ने, सम्भाव्य फलफूलमा आत्मनिर्भता र आयात प्रतिस्थापन गर्ने, निर्यातयोग्य फलफूलहरुको निर्यात व्यापार प्रवद्र्धन गर्ने, रोजगारी तथा आयस्तर वृद्धि गर्ने र भू–क्षय रोकथाम तथा वातावरण संरक्षण र मनोरञ्जन प्रदान गर्ने यस केन्द्रको उद्देश्य रहेको छ ।
नेपालको संविधान २०७२ ले निर्दिष्ट गरे बमोजिम राज्यको यिनै प्रयासहरुको फलस्वरुप विभिन्न भौतिक पूर्वाधार र श्रोत साधनको कमीको बावजुत कतिपय स्थानहरु स्याउ, सुन्तलाजात फलफूल, केरा लगायतका विभिन्न फलफूलहरुको पकेट क्षेत्रका रुपमा विकास भैसकेका छन् भने अन्य केही क्षेत्रहरु यस तर्फ उन्मुख रहेका छन् ।